铁路局不赔三方协议违约金将构成违约。根据《中华人民共和国民法典》，违约方需按约定支付违约金，否则可能面临诉讼，损失赔偿额将相当于受损方损失，严重时可能影响企业信誉。
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铁路局不赔违约金可这样处理：1. 协商，与铁路局沟通，要求按协议支付违约金；2. 诉讼，若协商不成，准备相关证据，向法院提起诉讼，要求赔偿；3. 仲裁，根据协议中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁，解决纠纷。
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处理铁路局不赔三方协议违约金的方式有协商、诉讼等。建议先尝试与铁路局协商，若协商无果，再考虑通过法律途径如提起诉讼来维护权益，选择时需考虑成本效益及效率。