公司规章制度不能违反法律规定。依据《劳动法》，病假期间应支付工资，不支付违法。怀孕期间更需保障权益，不及时处理可能影响孕期权益及产后待遇。
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可仲裁或投诉。操作如下：1.准备劳动合同、规章制度及病假证明；2.若选仲裁，向当地劳动仲裁委提交申请及证据；3.若选投诉，向劳动监察大队反映情况并提交证据。
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可申请劳动仲裁或向劳动监察大队投诉。选择时需考虑效率与效果，劳动仲裁更正式但耗时长，劳动监察大队处理快但可能不如仲裁权威。