保险公司会赔付营运损失。依据相关法律法规，营运性损失属于交通事故财产损失的一部分，《机动车交通事故责任强制保险条例》等法律规定保险公司应在其财产损失赔偿限额内承担赔偿责任。若不及时赔付，可能导致责任者面临法律责任，影响企业正常运营及信誉。
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处理此类问题常见方式有协商、调解、仲裁或诉讼。首先尝试与保险公司协商理赔；协商不成时，可申请交管部门调解；仍无法解决时，可选择仲裁或向法院提起诉讼。选择处理方式时，应考虑效率、成本及个人情况。
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针对箱式货车改飞翼出事故保险赔付问题，处理方式如下：
1. 立即报案，通知保险公司并保留现场证据。
2. 提供相关证明，如营运证、保险单等，以便保险公司定损。
3. 若保险公司拒赔或赔偿金额有异议，可申请调解或法律途径解决。